A un año del primer caso de Covid-19 en Paysandú, el departamento ha pasado por diferentes etapas de la pandemia, y los meses con más casos diarios han sido los tres últimos, al igual todo el país. El 31 de marzo de 2020 se confirmaba el primer caso de Covid-19 en Paysandú. En aquel momento, el Director Departamental de Salud, Dr. Carlos Leoni, brindaba una conferencia de prensa para informar que se había confirmado el primer diagnóstico positivo en el departamento, aunque se trataba de un caso importado, por lo que no estaba el virus circulando en Paysandú.
En aquel día donde Paysandú pasaba a integrar el grupo de departamentos con casos activos, en el país se registraban 18 casos nuevos, a menos de un mes de haber comenzado la pandemia en el Uruguay.
Desde aquel momento se fueron registrando casos aislados en Paysandú, hasta que desde la segunda quincena de diciembre en adelante comenzaron a registrarse casos prácticamente todos los días. En lo que va de este año se constataron nuevos contagios todos los días con excepción del 2, 3 y 25 de enero. Si bien figuran otros días con cero casos, se trató de fechas donde las cifras no se actualizaron en forma.
El día con más diagnósticos fue el 25 de marzo con 119 casos.
Este martes los casos confirmados fueron 39 y se registró un nuevo fallecimiento.
Desde que comenzó la pandemia, en Paysandú se registraron 1.628 casos, de los cuales 1.186 se recuperaron, 11 fallecieron y 431 están cursando la enfermedad.
El 14 de diciembre Paysandú dejó el nivel verde en el índice de Harvard y fue alternando entre amarillo y naranja hasta el 17 de marzo, y desde ese día el departamento se mantiene en nivel de alerta rojo.